Existen muchas librerías criptográficas gratuitas. Para el desarrollo de los web services de Facturación Electronica, elegí OpenSSL por tiene funciones para claves asimétricas y el formato de salida es CMS.

Inicialmente preferia la libreria criptográfica de Peter Guttman porque tinía un excelente diseño y parecia que con pocas llamadas podia realizar las distintas tareas. Sin embargo, al testear la encriptación y desencriptación de un texto utilizando TwoFish (o BlowFish, no recuerdo), a veces el texto final no correspondia con el inicial. Como no encontre muchas paginas ni foros donde me pudieran dar soporte, decidi probar suerte con OpenSSL.

Aunque la documentación no está muy completa, es una gran ayuda y junto con los mensajes viejos de la mailing list, pude crear las funciones en C para todo lo que necesite. Aquí incluyo los detalles de lo que aprendí acerca de esta librería, por si a alguien le resultan útiles.